Высшая инженерная школа агробиотехнологий Томского государственного университета впервые вручила дипломы выпускникам магистратуры Bioinformatics. Римшах Сабир, Мохаммад Шафик и Йосма Вахид из Пакистана и Джошуа Бенсон Фрайдей из Нигерии в течение двух лет осваивали методы научно-исследовательской работы, исследовали микробиоту кишечника, механизмы увеличения размера ягод жимолости и гены бобовых, которые отвечают за устойчивость к стрессу.
Англоязычная магистратура Bioinformatics была открыта в институте в 2023 году. Руководителем программы стал PhD по сельскохозяйственной биотехнологии, профессор ВИША ТГУ Наваз Мухаммад Амджад, опубликовавший более 80 научных статей и глав книг по геномике растений, которые получили около 3 000 цитирований (индекс Хирша — 28).
В магистратуре ВИША ТГУ студенты изучили методы секвенирования ДНК, обработки, оценки и интерпретации данных, прогнозирования функций биологических молекул. Магистранты также освоили междисциплинарные компетенции, которые позволят искать, анализировать и находить решение проблем в здравоохранении, медицине, фармацевтике, сельском хозяйстве и смежных сферах.
— Тот уровень работ, который студенты продемонстрировали на защите, а также комментарии и оценки со стороны государственной экзаменационной комиссии показали высокий уровень подготовки магистров, проработанность магистерских диссертаций, — рассказала Екатерина Бойко, директор Образовательного центра ВИША ТГУ.— В магистратуре они не только занимались учебой, но и работали в составе научной группы. Одна из работ была посвящена поиску генов в жимолости, чтобы понять, от чего зависит величина плода и каково влияние фитогормонов на нее. Эта работа выполнена для промышленных партнеров ВИША ТГУ — компаний «САВА» и «Северный сад». Исследование поможет селекционерам контролировать механизм роста ягод на молекулярном уровне.
Например, Йосма Вахид за время обучения в ТГУ успела поработать над тремя проектами. Ее исследования были посвящены сое, жимолости, а также почвенным бактериям. В дипломном исследовании Йосма изучила механизм регуляции размера ягод у жимолости. Она использовала морфологическое сравнение, микроскопию и сравнительную транскриптомику, чтобы понять процесс образования более крупных плодов.
В других дипломных проектах выпускники исследовали влияние физической активности на микробиоту кишечника у детей, изменения в микробиоте в начале спортивной карьеры, а также идентифицировали гены бобовых растений, чувствительные к абиотическому стрессу.
— За два года обучения студенты освоили передовые методы биоинформатики, включая омиксные технологии, машинное обучение и анализ больших данных. Их исследования, где эти методы применялись к разнообразным биологическим массивам данных о растениях, людях и микробах, послужили основой для установления взаимосвязи молекулярных и регуляторных процессов. Некоторые работы студентов уже опубликованы в международных журналах, — рассказал руководитель магистратуры Наваз Мухаммад Амджад.
Он также отметил, что выпускники планируют продолжить научную карьеру в России и за рубежом.
— Я многому научился в ТГУ. Я ценю усилия своего наставника за знания и навыки, которые он нам дал. Когда я поступил в магистратуру, у меня были очень ограниченные знания о молекулярных данных растений, но теперь я хорошо разбираюсь в этом вопросе и способен анализировать повторяющиеся наборы омиксных данных, — рассказал Мохаммад Шафик.
Выпускница Римшах Сабир отметила, что содержание программы адаптировано к рынку, оно позволяет работать над проектами реальных промышленных заказчиков.
Для справки: Ученые ВИША ТГУ используют методы биоинформатики для исследований в сфере сельского хозяйства. Так, выпускники англоязычной магистратуры по биоинформатике нашли гены сои, которые отвечают за устойчивость одновременно к двум видам стресса — засухе и недостатку воды. Исследование актуально в условиях меняющегося климата.
Текст и фото: ВИША ТГУ